古代时期
公元前3000年左右，古代印度河文明产生于巴基斯坦境内。直至公元前2000年，生活在中亚的高加索人种雅利安人来到印度河流域，征服了当地的达罗毗荼人，印度河文明逐渐衰亡。此后的“吠陀时代”，雅利安人的政治中心开始向东转移到古代印度。公元前600年起，兴起于亚洲西部伊朗高原上的波斯帝国统治巴基斯坦西南部地区，公元前327年，亚历山大曾率军攻占过此地。此后被兴起于中亚和南亚地区的贵霜帝国统治。克什米尔地区大部从公元7世纪起成为吐蕃（今中国西藏）版图。1239年蒙古进军吐蕃，1246年吐蕃全部纳入蒙古汗国版图，1271年蒙古汗国改名元朝，克什米尔地区大部纳入中国元朝的版图。
公元8世纪初，阿拉伯帝国的军队征服巴基斯坦和印度西边，但古代印度从未实现过统一，古代印度只有在16世纪后期实现过印度中北部的局部统一。建立伊斯兰政权，并将伊斯兰教传入，使大批当地居民成为穆斯林。11世纪初，巴基斯坦西北部处于阿富汗加兹尼王朝统治之下。12世纪初，古尔王朝又取代了加兹尼王朝。1206年，库特布•艾伯克建立奴隶王朝。1220年代蒙古大军攻入印度河流域，后成为蒙古大汗国的伊利汗国地。15世纪后300年间历经了6个王朝（德里苏丹王朝），14世纪后期蒙古人帖木儿攻入印度河流域，帖木儿攻占德里，后裔巴布尔1526年建立莫卧尔王朝，管辖印度中北部和巴基斯坦东部部分地区。
1757年后，巴基斯坦随印度成为英国殖民地，英国“分而治之”的政策使穆斯林与印度教徒之间冲突加剧。
近现代时期
二战结束后，印度次大陆摆脱英国的殖民统治获得独立。1947年6月，英国最后一任驻印度总督蒙巴顿提出了把印度分为印度和巴基斯坦两个自治领的“蒙巴顿方案”。
1947年6月，印巴根据《蒙巴顿方案》实行分治。同年8月14日，巴基斯坦宣告独立，成为英联邦一个自治领，包括巴基斯坦东、西两部分。
根据“蒙巴顿方案”的规定，印度教徒居多数的地区划归印度，穆斯林占多数的地区归属巴基斯坦。但对克什米尔的归属问题却规定由各王公土邦自己决定加入印度或巴基斯坦，或保持独立。当时，克什米尔地区77%的人口为穆斯林，他们倾向加入巴基斯坦； 克什米尔土邦王是印度教徒，他先是既不想加入印度，也不愿加入巴基斯坦，但最后又倾向加入印度。因此，印巴分治时，克什米尔的归属问题未能得到解决。
印巴分治后不久，双方为争夺克什米尔主权于1947年10月在克什米尔地区发生大规模武装冲突，即第一次印巴战争。1947年12月，印度将克什米尔问题提交联合国安理会。1948年8月和1949年1月，联合国印巴委员会先后通过关于克什米尔停火和公民投票的决议，印巴均表示接受。1949年1月双方正式停火，7月划定了停火线。克什米尔分为印控区和巴控区，印巴分别在各自控制区内建立了地方政府。
1953年8月，印巴两国总理会谈后发表联合公报宣布，克什米尔争端应通过克什米尔公民投票来解决。然而，1965年6月，印巴围绕克什米尔问题爆发第二次战争。1971年12月，在因东巴基斯坦脱离巴基斯坦而爆发的第三次印巴战争中，印度又占了巴控克什米尔地区的部分土地。1956年3月23日，巴基斯坦伊斯兰共和国正式成立，仍为英联邦成员国。
1971年3月，东部宣布成立孟加拉人民共和国，同年12月孟加拉国正式独立。
1972年7月，印巴签署了《西姆拉协定》，双方同意在克什米尔地区尊重1971年双方停火后形成的实际控制线。
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